Se adoperi un substrato di cemento liscio può andare egualmente bene, dal momento che è similmente igienizzabile.
Non ho capito cosa intendi dicendo che le voliere risulterebbero più buie... non credo che la lamiera lasci passare più luce.
In ogni caso ti consiglio di coprire solo metà degli alloggi, lasciando la possibilità agli animali di bagnarsi e di esporsi al sole diretto.
Come ha detto Simone, evita assolutamente il metallo: essendo un ottimo conduttore, comporterà uno sbalzo termico notevole all'interno delle voliere.
Dopo di chè, per riparare alcuni lati potrai adoperare pannelli semi-trasparenti.